Il y a 3 semaines, j’ai pos­té cet appel sur les réseaux

« J’é­coute « micro­biote » 1er épi­sode. Sur La Série Docu­men­taire, France culture (ici https://www.radiofrance.fr/franceculture/podcasts/lsd-la-serie-documentaire/geographies-intimes-de-nos-microbes-9883729) et j’en­tends ça : « Au moment de la nais­sance par voies basses, le bébé va des­cendre dans la filière géni­tale et ava­ler sur son pas­sage tous les germes de cette zone, des germes de la flore vagi­nale et diges­tive parce que l’a­na­to­mie fémi­nine fait que le vagin est à côté de l’a­nus. En nais­sant, il va ava­ler des grandes gor­gées de bac­té­ries, ce cock­tail de bien­ve­nue qui va ini­tier la diver­si­té de sa flore diges­tive. (…). » C’est Jacky Nizard, Pro­fes­seur de Gyné­co­lo­gie-Obs­té­trique à l’Hôpital Sal­pê­trière qui le dit, et j’ai­me­rais bien lire une vraie réf solide sur ça. »

D’honorables correspondant·es m’ont envoyé de la doc. Je vous la repar­tage, c’est logique, ça vous appar­tient. Etant hors de mon champ direct de com­pé­tence, je ne me hasarde pas à tran­cher défi­ni­ti­ve­ment, mais une chose est sûre : Mon­sieur Nizard a un peu cra­qué quand même.

Sur X

Peg­gy Sastre @nikitakarachoi m’envoie ça :

Acqui­si­tion of micro­bio­ta accor­ding to the type of birth : an inte­gra­tive review https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8294792/
The impacts of deli­ve­ry mode on infant’s oral micro­flo­ra Sci Rep. 2018 ; 8 : 11938. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6085361/
Et la page Wiki­pé­dia anglaise https://en.wikipedia.org/wiki/Vaginal_seeding

@Anamorphosci m’écrit :

(…) Qu’il y ait une colo­ni­sa­tion de nou­velles bac­té­ries et germes au décours du pas­sage dans le trac­tus vagi­nal, c’est une don­née qui est à peu près acquise.

J’ai deman­dé : « pour­quoi à peu près ? »

Pour des pré­cau­tions ora­toires sur « acquise », dans le sens où oui la trans­mis­sion se fait, mais sur un micro­biome rudi­men­taire pré-exis­tant ? Ou une vraie colo­ni­sa­tion prin­ceps qui vient rem­pla­cer une absence abso­lue de micro­biome ? (L’art. de Nature conclue plu­tôt en ce sens). Peut-être que ma pré­cau­tion ora­toire n’est pas la bonne.

Mother-infant trans­mis­sion of human micro­bio­ta https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35785616/

Cer­taines études ont mis en évi­dence des dif­fé­rences accou­che­ment par voie basse vs. césa­rienne. Cela a don­né lieu à des hypo­thèses d’une plus grande vul­né­ra­bi­li­té aux pathos infec­tieuses chez ces enfants, et d’autres hypo­thèses du genre :

The Mater­nal Infant Micro­biome : Consi­de­ra­tions for Labor and Birth https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5648605/

Acqui­si­tion of micro­bio­ta accor­ding to the type of birth : an inte­gra­tive review https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8294792/

The vagi­nal micro­biome and pre­term birth https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31142849/

Juste il faut savoir que cette hypo­thèse est très remise en ques­tion (pas le fac­teur majeur pour conclure une telle asser­tion)

A Cri­ti­cal Review of the Bac­te­rial Bap­tism Hypo­the­sis and the Impact of Cesa­rean Deli­ve­ry on the Infant Micro­biome https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29780807/

Le micro­biote du nou­veau-né (NN) se déve­loppe évi­dem­ment aus­si gran­de­ment après la nais­sance, mais l’un des points cen­traux de dis­cus­sion scien­ti­fique, je la syn­thé­ti­se­rais de la façon sui­vante : est-ce que le micro­biote existe déjà chez le fœtus, et il ne fait qu’ac­qué­rir de nou­velles espèces lors de la nais­sance et après ? C’é­tait peu ou prou l’hy­po­thèse que l’on avait au départ. Et puis « la » grosse étude de Nature en 2023 pren­dra la contre­pied en met­tant en évi­dence que le foe­tus est dépour­vu de micro­biote propre, que les ten­ta­tives de le retrou­ver sont plu­tôt dues à des biais exté­rieurs https://nature.com/articles/s4158

Mother-infant trans­mis­sion of human micro­bio­ta https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35785616/

En ce qui concerne les études sur les greffes de micro­biome, je ne sais vrai­ment qu’en pen­ser. Je sus­pends mon juge­ment, je ne suis pas assez com­pé­tent pour avoir une idée claire là-des­sus mais j’a­voue avoir par­fois une alarme cri­tique qui s’al­lume sur ces thèmes, en mode « c’est l’ap­proche révo­lu­tion­naire sur les mala­dies chro­niques » bon.… Voi­là ce que je pou­vais appor­ter 🙂 A noter que l’étude de Nature 2023 est de qua­li­té mais assez « péremp­toire » for­mel­le­ment, ce qui a aus­si été sou­le­vé

J’ai répon­du : « oui c’est assez près de ce que je pré­su­mais. Ma méfiance vient du fait qu’on se sert beau­coup de cet argu­men­taire POUR faire valoir voie basse par rap­port à césa­rienne, alors dès qu’il y a un enjeu de ce genre, je me méfie comme une petite martre. »

@CoraTheMidwife m’écrit :

C’est un argu­ment vrai­ment mineur. Le risque de détresse res­pi­ra­toire tran­si­toire néo­na­tale, d’hé­mor­ra­gie et d’in­fec­tion mater­nelles et les dou­leurs post-opé­ra­toires sont des argu­ments net­te­ment plus convain­cants On pri­vi­lé­gie au maxi­mum la voie basse quand on peut mais S’il y a une indi­ca­tion à faire une césa­rienne, il faut la faire. Par contre on peut encore dimi­nuer le taux de césa­riennes en France, mais pas de beau­coup je pense. Il fau­drait aug­men­ter le per­son­nel en salle de nais­sance pour amé­lio­rer les don­nées péri­na­tales je pense.

Mathias Jaouen @Docjaouen m’envoie :

Mode of deli­ve­ry affects the bac­te­rial com­mu­ni­ty in the new­born gut https://sciencedirect.com/science/article/pii/S037837821000006X

et ajoute : « C’est pas une méga étude. Et ça ne dit pas que c’est parce que le bébé « ingur­gite » le micro­biote. »

@_fyr me dit :

D’ailleurs les gamins nés par césa­rienne ça pose pro­blème à très long terme. Cer­tains pays/centre hos­pit enduise le visage du nou­veau avec du « jus de vagin » Pour les articles voir med­line si vous êtes anglo­phone

Sur Mastodon

@tonton_mollo@mamot.fr m’écrit :

Oui c’est étayé, les bébés nés par césa­rienne sont plus sujets au dia­bète à cause d’un micro­biote insuf­fi­sant. Ça per­met aus­si de ren­for­cer leur flore buc­cale. Ain­si que celle de leur épi­derme (je crois).

SRC : Les années lumières sur Radio Cana­da, mais leur sire est deve­nu tel­le­ment moi­si.

Sinon ceci : L’ac­cou­che­ment par césa­rienne accroît les risques de dia­bète https://ressourcessante.salutbonjour.ca/news/chealth/7103?newssource=0 (2012)

@Olivier_Dufour m’écrit :

Un jour tu m’as conseillé Marc André Selosse. Aujourd’­hui je te conseille un de ses bou­quins : Jamais seul. Sur notre syn­biose avec les petites bêtes. Je l’ai à dis­po si besoin. Je vais creu­ser l’ac­cou­che­ment mais j’ai déjà en tête des réf lues sur Pub­Med.

@matthieu@weber.fi.eu.org m’écrit :

Les bébés nés par voie basse acquièrent un micro­biote intes­ti­nal plus rapi­de­ment que ceux nés par césa­rienne. Et comme ces micro-orga­nismes sont arri­vés jus­qu’à l’in­tes­tin, il faut bien qu’ils passent par la bouche. Mais de là à par­ler de gor­gées, je sais pas si c’est rai­son­nable. je tenais pour acquise l’exis­tence d’une dif­fé­rence de micro­biote entre les nais­sances par césa­rienne et par voie basse. Je n’ai mal­heu­reu­se­ment pas plus de source que les paroles de spé­cia­listes enten­dues sur France Culture récem­ment.

Théo­phraste Lon­guet @theolong@framapiaf.org m’écrit :

J’en avais enten­du par­ler. Par curio­si­té, j’ai cher­ché :
– césarienne/surpoids :

Non-expo­si­tion au micro­biote vagi­nal lors de la nais­sance par césa­rienne et sur­poid­sNon-expo­sure to vagi­nal micro­bio­ta during cae­sa­rean birth and excess body weigh
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1637408821000560

- res­tau­ra­tion du micro­biote par trans­fert de la flore vagi­nale :

Par­tial res­to­ra­tion of the micro­bio­ta of cesa­rean-born infants via vagi­nal micro­bial trans­fer https://www.nature.com/articles/nm.4039

- mode d’ac­cou­che­ment et façon­ne­ment du micro­biote ini­tial :

Deli­ve­ry mode shapes the acqui­si­tion and struc­ture of the ini­tial micro­bio­ta across mul­tiple body habi­tats in new­borns https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1002601107

Il y a plu­sieurs autres études. Ça me semble plu­tôt bien docu­men­té.

@AnnaLion@piaille.fr m’écrit :

une étude trou­vée sur Nature, mais je ne suis pas en mesure de dire si sérieuse ou non :

The com­po­si­tion of human vagi­nal micro­bio­ta trans­fer­red at birth affects off­spring health in a mouse model https://www.nature.com/articles/s41467-021–26634‑9 (oui je sais, c’est une étude sur des sou­ris)

Sur INSTAGRAM

@I_hear_drones m’écrit :

« Notre micro­biote est héri­té de notre mère à la nais­sance » https://www.vidal.fr/actualites/30421-microbiote-intestinal-pour-en-finir-avec-certains-mythes.html

-> Cette fausse affir­ma­tion se trouve plus sou­vent dans les articles des­ti­nés au grand public que dans la lit­té­ra­ture scien­ti­fique. Bien que cer­tains micro-orga­nismes soient direc­te­ment trans­fé­rés de la mère au bébé à la nais­sance*, **, pro­por­tion­nel­le­ment peu d’es­pèces du micro­biote sont véri­ta­ble­ment « héri­tables » et per­sistent de la nais­sance à l’âge adulte **, ***.

* Fer­ret­ti P, Pasol­li E, Tett A et al. Mother-to-infant micro­bial trans­mis­sion from dif­ferent body sites shapes the deve­lo­ping infant gut micro­biome. Cell Host Microbe, 2018 ; 24(1): 133–145.e5. doi : 10.1016/j.chom.2018.06.005

** Valles-Colo­mer M, Blan­co-Míguez A, Man­ghi P et al. The per­son-to-per­son trans­mis­sion land­scape of the gut and oral micro­biomes. Nature, 2023 ; 614(7946): 125–135. doi : 10.1038/s41586-022–05620‑1

*** Roth­schild D, Weiss­brod O, Bar­kan E et al. Envi­ron­ment domi­nates over host gene­tics in sha­ping human gut micro­bio­ta. Nature, 2018 ; 555(7695): 210–215. doi : 10.1038/nature25973

@nat_kiss_la_joue m’écrit :

Je n’ai pas d’é­tudes à appor­ter mais je le confirme pour l’a­voir lu et enten­du de la bouche de gyné­co­logues. Par ailleurs, c’est pour cette rai­son que les bébés dont les mamans sont atteintes du VIH naissent par césa­rienne quand la charge virale est détec­table et non par voix basse.

@chantalalpesdehauteprovence m’écrit :

Et du coup les bébés nés par Césa­rienne ne seraient pas expo­sés à ces bac­té­ries …ils par­ti­raient avec un handicap,leur micro­biote serait quoi ? Moins riche?…Mon fils est né par césa­rienne, il y a 20 ans j’ai enten­du tout ça aussi,du coup c’é­tait nul de naître par césa­rienne…

@Widodow m’envoie :

https://www.gutmicrobiotaforhealth.com/fr/la-composition-du-microbiote-intestinal-du-nourrisson-est-influencee-par-le-mode-de-naissance/

@hapax.insta m’envoie :

The influence of mater­nal vagi­nal flo­ra on the intes­ti­nal colo­ni­za­tion in new­borns and 3‑month-old infants https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28420276/

@Laurerpp (une de « mes » étu­diantes !) m’écrit :

L’ar­ticle du Vidal date de 2023, c’est un article de jour­nal plus vul­ga­ri­sa­tion un peu pous­sée qui aborde pleiiin de sujet autour du micro­biote – 4 réfé­rences au total citées sur notre pro­blé­ma­tique – En faveur d’une par­tie d’hé­ri­tage de la flore bac­té­rienne :
* 1 étude lon­gi­tu­di­nale mul­ti-centre (prin­ci­pa­le­ment Ita­lie, Alle­magne, USA, Israel) publié en 2018 dans Cell host & microbe – Il ont échan­tillon­né le micro­biote de 25 paires (mère-enfant) sur dif­fé­rentes par­ties du corps (peau, dos de la langue, vagin et selles pour la mère – bouche et selles pour le bébé) de la nais­sance à 4 mois post­par­tum. Pré­ci­sion des résul­tats : Allai­te­ment mater­nel exclu­sif à 3 jours pour tous les bébés, pour 96% d’entre eux à 1 mois et 56% à 4 mois. Sur les 44% ayant un allai­te­ment non exclu­sif à 4 mois, 16% nour­ris exclu­si­ve­ment au lait arti­fi­ciel. Et un pas­sage très inté­res­sant sur le pas­sage d’une flore anaé­ro­bie (hypo­thèse : in ute­ro pas d’air puis adap­ta­tion au monde aérien) à une flore aéro­bie Ccl° : Il y a un match entre des espèces issues de la flore mater­nelle et la flore intes­ti­nale des enfants (ils ont cher­ché à être sûr de l’o­ri­gine mater­nelle par diverses méthodes – j’ai rete­nu entre autre qu’ils par­tagent signi­fi­ca­ti­ve­ment plus d’es­pèces bac­té­riennes avec leur mère qu’a­vec les autres mères). La flore bac­té­rienne de l’en­fant varie ++ dans les pre­miers jours avec une grosse abon­dance à J1 (colo­ni­sa­tion) puis une dimi­nu­tion avec une sélec­tion de cer­taines espèces qui seraient plus adap­tées à l’in­tes­tin. La flore com­prend bcp de maté­riel simi­laire à la mère au début mais pas que : aus­si de l’en­vi­ron­ne­ment ; et avec le temps de la flore issue des gens qui s’oc­cu­pe­ront aus­si du bébé. La sélec­tion s’o­père avec une dimi­nu­tion de la flore cor­res­pon­dant à dif­fé­rents sites autre que la flore fécale/intestinale mater­nelle (11 fois de la langue, 1 du vagin, et 5 de la peau). Ca pour­rait sug­gé­rer que ces espèces ne sont pas adap­tées pour colo­ni­ser l’in­tes­tin de l’en­fant. Par contre, d’autres espèces plus typiques des selles (Bac­te­roides vul­ga­tus, Bifi­do­bac­te­rium lon­gum, and Bifi­do­bac­te­rium breve) per­sistent de la nais­sance jus­qu’à 4 mois.

Source qui est très inté­res­sante (bien que de 2018 elle est très com­plète dans l’ex­pli­ca­tion de la démarche qui per­met de com­prendre la com­plexi­té de la ques­tion) :

Mother-to-Infant Micro­bial Trans­mis­sion from Dif­ferent Body Sites Shapes the Deve­lo­ping Infant Gut Micro­biome https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6716579/

Je m’ar­rête là pour ce soir si quel­qu’un veut prendre le relais sinon je m’y ré-attel­le­rai quand j’au­rais du temps – en tous cas sujet pas­sion­nant – j’ai vu qu’il y a une étude de 2023 de l’A­me­ri­can Jour­nal qui a ense­men­cé des bébés nés par césa­rienne avec de la flore vagi­nale mais j’ai pas encore lu le détail (et la conclu­sion disait qu’ils avaient pas vu de dif­fé­rence je crois).

En tant que sage femme j’ai pas mal enten­du que le pas­sage dans la filière géni­tale impli­quait que l’en­fant absor­bait cette flore et que ça fai­sait pou­vait jouer sur la richesse de sa flore intes­ti­nale par la suite. J’a­voue que j’é­tais un peu dubi­ta­tive (sachant que pour le micro­biote si je me sou­viens bien chez des adultes seule la greffe fécale a per­mis une reco­lo­ni­sa­tion effi­cace par des bac­té­ries – mais j’ai pas d’é­tudes c’est juste mes sou­ve­nir de gyné­co (sur les vagi­noses pro­bio­tiques) / bac­té­rio). Par contre le lien avec la proxi­mi­té de l’anus/colon pour moi est pas tel­le­ment per­ti­nente (toutes les femmes ne défèquent pas en don­nant nais­sance – mais je ne sais pas si il y a eu des études sur ça haha – et il me semble que les deux flores – intes­ti­nales et vagi­nales – ne sont pas iden­tiques et que une colo­ni­sa­tion par la flore fécale pour­rait entraî­ner un dés­équi­libre de la flore vagi­nale – tout cela étant des il me semble).
Je suis en train de faire une recherche pour voir un peu ce que je trouve et j’ai regar­dé les liens don­nés je mets ça dans le com­men­taire d’a­près parce que je viens déjà de perdre une par­tie de ce mes­sage.

Donc ana­lyse des articles don­nés :
– Un a été reti­ré pour pla­giat d’ar­ticle par­fois cité par­fois non – si j’ai bien com­pris – j’a­voue que quand j’ai vu ça j’ai un peu sur­vo­lé. Lien pour la rai­son du retrait :

Sta­te­ment of Retrac­tion : Gua­ri­no A, Wudy A, Basile F, Ruber­to E, Buc­ci­gros­si V. “Com­po­si­tion and roles of intes­ti­nal micro­bio­ta in chil­dren”
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.3109/14767058.2014.915090

- 1 article publié dans Nature de 2019 – Bien que ce soit publié dans Nature, c’est vieux pour ce genre de sujet qui est bcp en mou­ve­ment en ce moment – dans l’ar­ticle sui­vant du Vidal il est cité des articles aus­si publiés dans Nature cette année et en regar­dant sur Pub­med on trouve pas mal de lit­té­ra­ture plus récente. – J’ai quand même lu mais je vous décrit pas l’in­tro qui me semble trop vieille – C’est une étude lon­gi­tu­di­nale faite aux UK par ana­lyse méta­gé­no­mique du génome entier en gros on regarde ce qu’on trouve dans l’é­chan­tillon en regar­dant l’ADN qu’on séquence – si je com­prends bien) sur 1,679 échan­tillons de micro­biotes intes­ti­naux pré­le­vés à dif­fé­rents moments de la vie néo­na­tale et enfance de 596 bébés nés à terme (« full term » = entre 39SA et 40SA + 6j) à l’hô­pi­tal dont 178 pour qui on a pris les échan­tillons de leurs mères (175 mères). Ccl° un peu vague : le mode d’ac­cou­che­ment serait un fac­teur qui affec­te­rait le micro­biote intes­ti­nal pen­dant la période néo­na­tale et l’en­fance. Bon autant dire que sans accès à l’ar­ticle com­plet – on ne sait pas de quel âge à quel âge les échan­tillons ont été pris, ni le site de pré­lè­ve­ment au niveau mater­nel, ni quelles bac­té­ries ont été retrou­vées et en quelles pro­por­tions, ni si il y avait allai­te­ment mater­nel, ni si les conclu­sions sont basées sur des chiffres signi­fi­ca­tifs – res­sem­blance des micro­biotes ? Est-ce que c’est signi­fi­ca­tif dès le pre­mier jour ?) et sans autres biais qui traînent. Bref qui a accès à l’ar­ticle ?

J’ai répon­du : Stun­ted micro­bio­ta and oppor­tu­nis­tic patho­gen colo­ni­sa­tion in cae­sa­rean sec­tion birth Nature 2019, c’est ça ? Je l’ai trou­vé, je le mets là.

Grand mer­ci pour cette petite recen­sion col­la­bo­ra­tive !